Crée le 4 février 1644 durant la période noire de la guerre de Trente Ans, le régiment prend au début l'appellation de Mazarin-français. Rebaptisé Bretagne en 1651, il participe vaillamment à toutes les campagnes du roi Soleil.
Dissous en 1793, il voit ses traditions conservées au sein de la 46ème demi-brigade, puis du 46ème régiment d'infanterie de ligne. De Zurich à la Moscowa, en passant par Austerlitz, le régiment sillonne toute l'Europe sur les traces de l'Aigle. Après les campagnes lointaines de Sébastopol en Crimée, de Tunisie ou de Madagascar, le 46ème R.I. se distingue à Vauquois pendant la terrible guerre de 1914-1918. De nouveaux dissous en juin 1940, après avoir résisté jusqu'à la dernière cartouche à Asfeld sur l'Aisne, il ne renaît de ses cendres qu'à la Libération.
Stationné à Berlin depuis novembre 1947, le régiment de La Tour d'Auvergne est l'une des deux seules formations françaises à avoir tenu le créneau pendant près d'un demi-siècle sur le front le plus exposé de la Guerre Froide jusqu'à sa dissolution le 14 septembre 1994.
Il renaît le 1er juillet 1995, à Vincennes, comme régiment de réserve chargé de missions de protection des populations et d'aide aux autorités, avant une nouvelle dissolution, le 30 juin 1997.
Les Chefs de Corps depuis 1945
Lieutenant-colonel d’Esneval 1945-1946
Lieutenant-colonel de Stabenrath 1946 (dissolution le 30/04/1946)
Chef de bataillon Hallouin 1946 46ème bataillon de la 10ème demi-brigade d’infanterie à compter du 1er mai 1946
Chef de bataillon de Monner 1946 (en fonction pendant un mois)
Chef de bataillon Dufour 1946-1947
Chef de bataillon Garat 1947-1948
Chef de bataillon Martrou 1948-1949
Chef de bataillon Hunold 1949-1950 46ème bataillon d’infanterie (formant corps)
Chef de bataillon Gérard-Séné 1950-1952
Lieutenant-colonel Négrié 1952-1954
Lieutenant-colonel Jasselin 1954-1956
Lieutenant-colonel Niveau de Villedary 1956-1958
Lieutenant-colonel Sorbier de Pougnadoresse 1958-1960
Lieutenant-colonel Coudurier 1960-1961
Lieutenant-colonel de Peretti 1961-1962
Colonel Burger 1962-1964
Colonel Teysseyre 1964-1966 prends appellation de 46ème régiment d’infanterie
Colonel Bourdis 1966-1968
Colonel Lamy 1968-1970
Colonel Good 1970-1972
Colonel Grué 1972-1974
Colonel Juin (fils du maréchal) 1974-1976
Colonel Motte 1976-1978
Colonel de Moulins d’Amieu de Beaufort 1978-1980
Colonel Cottereau 1980-1982
Colonel Paris 1982-1984
Colonel Fresnel 1984-1986
Colonel Bonamy 1986-1988
Colonel de Laforcade 1988-1990
Colonel Rousselet 1990-1992
Colonel Buttay 1992-1994 (dissolution du 46ème R.I. le 14 septembre à minuit)
Colonel Bonioni 1995-1997 46ème R.I. de réserve dissous le 30 juin 1997